Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение было создано в 1965 году со статусом средней. Статус учебного заведения за годы его существования не менялся. На основании Постановления Администрации города Ростова-на-Дону от 20.10.2011 №748 "Об изменении типа существующих муниципальных образовательных учреждений города Ростова-на-Дону в целях создании муниципальных бюджетных образовательных учреждений города Ростова-на-Дону" Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение средняя общеобразовательная школа № 93 Ворошиловского района города Ростова-на-Дону является правопреемником муниципального общеобразовательного учреждения - средняя общеобразовательная школа № 93. Переименовано в Муниципальное общеобразовательное учреждение города Ростова-на-Дону "Школа № 93 имени Героя Советского Союза Фоменко Н.М." в 2019 г.